スコアリングモデル

進化の過程では、配列にさまざまな突然変異が生じます。

基本的な突然変異のプロセスには、置換、挿入、欠失があります。

アラインメント中の置換によるコストは、置換行列を用いてスコア化されます。

アミノ酸置換行列としては、BLOSUM62など、DNA置換行列としては、NUC44などが知られています。